Merete Eldrup var 1991-93 ministersekretær for finansminister Henning Dyremose og besad derefter chefstillinger i Erhvervsministeriet og i Energistyrelsen, hvor hun 1995-98 var vicedirektør.
I 1997 blev hun direktør i Politikens, senere JP/Politikens Hus, og administrerende direktør for TV 2 2007 til 2019. Merete Eldrup besidder adskillige bestyrelsesposter i medieverdenen, bl.a. i Justitia.